Jokaisessa ohjaussuhteessa esiintyy suurempia tai pienempiä ongelmia. Ensisijaisesti on hyvä selvittää huolellisesti, että kyse ei ole väärinkäsityksestä. Monet ristiriitaisista odotuksista johtuvat ongelmat voidaan selvittää ohjaajan ja ohjattavan välisissä keskusteluissa. On tärkeää, että keskustelet ohjattavasi kanssa avoimesti ja selkeästi. On hyvä ymmärtää, että ohjattavallasi voi olla eri näkemys ohjauksen tavoitteista ja käytännön seikoista. Tarkista että ohjattavasi ohjaussopimus on ajan tasalla ja että siinä on linjattu sekä ohjaajan (ohjaajien) että ohjattavan vastuut ja velvollisuudet. Huomioi, että eri ohjattavilla voi olla hyvinkin erilaisia tarpeita ja toiveita ohjauksen suhteen. Se, miten tiivistä ohjausta tohtorikoulutettava kaipaa, voi myös vaihdella väitöskirjaprojektin aikana.
Joskus ohjaussuhteessa on ongelmia, jotka eivät ratkea pelkästään ohjattavan kanssa puhumalla. Tällöin on hyvä hakea ongelmaan ratkaisua ulkopuolisen tahon avulla. Tällaisissa tilanteissa voit olla yhteydessä ohjattavasi tohtoriohjelmaan tai omaan esimieheesi. Kaikki ongelmatilanteet otetaan vakavasti ja niihin pyritään löytämään kaikkia osapuolia tyydyttävä ratkaisu nopeasti.