Ohjaussuunnitelman lisäksi väitöskirjatutkija laatii opintojen alussa Sisussa opintosuunnitelman, joka noudattaa väitöskirjatutkijan tohtoriohjelman tutkintorakennetta. Väitöskirjatutkija sopii ohjaajien kanssa mitä opintoja opintosuunnitelmaan sisällytetään. Erityisesti pääohjaajan odotetaan tukevan väitöskirjatutkijaa opintojen suunnittelussa. Opintosuunnitelma käydään läpi samassa tapaamisessa, jossa ohjaussuunnitelma solmitaan.
Sisussa laadittavan opintosuunnitelman lisäksi Thessan My Thesis Project -osiossa on mahdollista suunnitella tarkemmin väitöskirjaprojektin aikataulua. My Thesis Project -osioon suositellaan sisällytettäväksi esimerkiksi väitöskirjatutkimuksen alustava aikataulu, suunnitelmissa olevat konferenssit ja julkaisut sekä väitöskirjatutkimuksen rahoittamiseen saadut palkkakaudet, stipendit ja apurahat. Tiedot suoritetuista opinnoista siirtyvät Sisusta Thessaan automaattisesti, joten tehtyjä suorituksia on mahdollista tarkastella myös Thessan kautta.
Opintojen alussa tehtävät suunnitelmat ovat alustavia, ja niitä voi aina muuttaa, kun opintojen edetessä suunnitelmat tarkentuvat.