Utöver handledningsplanen gör doktoranden upp en studieplan i Sisu i början av studierna. Studieplanen följer doktorandprogrammets examensstruktur. Doktoranden kommer överens med handledarna om vilka studier som ska ingå i studieplanen. I synnerhet den ansvariga handledaren förväntas stötta doktoranden i planeringen av studierna. Doktoranden och handledarna går igenom studieplanen på samma möte där de utarbetar handledningsplanen.
Vid sidan av studieplanen som görs i Sisu kan tidsschemat för avhandlingsprojektet planeras närmare i sektionen My Thesis Project i Thessa. Det rekommenderas att man i My Thesis Project inkluderar t.ex. ett preliminärt tidsschema för avhandlingsarbetet, planerade konferenser och publikationer samt uppgifter om avlöningsperioder och stipendier som ska finansiera avhandlingsarbetet.
Planer som görs i början av studierna är preliminära och de kan ändras och preciseras i takt med att studierna fortskrider.