Avhandlingar kräver rätt mycket arbete, vilket innebär flera handledningsmöten med samma studerande i olika faser av arbetet. Även om man skulle erbjuda rätt mycket handledning, förutsätter avhandlingsarbetet alltid att studeranden har en förmåga att arbeta självständigt. Därför lyfter avhandlingar ofta fram utmaningar eller brister som gäller studiefärdigheter såsom tidshantering, planering eller åstadkommande. Utmaningar som gäller självständigt arbete kan också vara kopplade till studerandens livssituation.
När man skriver en avhandling kan det förekomma faser då studeranden har till och med starka obehagliga tankar och känslor. Studerandena kanske försöker lösa det obehag de upplever genom att skjuta upp arbetet eller göra något annat, även om det vet att arbetet därmed inte blir färdigt. Att skjuta upp och vara långsam bidrar åter till att minska studerandens tro på sig själv, och motivationen för att skriva avhandlingen sjunker. Även studerandenas livssituationer kan medföra utmaningar och öka belastningen med att skriva avhandling. Dessa problem som gäller studiekunskaper, färdigheter och livssituationen kan på ett eller annat sätt övergå till att bli handledningsproblem: till exempel skjuts överenskomna möten upp, avhandlingar framskrider inte, studeranden vill byta tema eller är missnöjd med handledningens kvantitet eller kvalitet.